Et af de almindeligt anvendte desinfektionsmidler til bekæmpelse af frugtfluer er methylbromid. Men på grund af dets ozonnedbrydende potentiale bruges alternativer som sulfurylfluorid og phosphin i stigende grad. Disse desinfektionsmidler er yderst effektive til at dræbe frugtfluer og kan også nå områder, der kan være svære at få adgang til med andre skadedyrsbekæmpelsesmetoder.
Røggasning er en specialiseret proces og kræver ordentlig træning og sikkerhedsforanstaltninger. Det bør kun udføres af uddannede skadedyrsbekæmpere, der forstår de risici, der er forbundet med desinfektionsmidler, og som har det nødvendige sikkerhedsudstyr. Derudover skal stedet, der skal desinficeres, forsegles effektivt for at forhindre desinfektionsmidlerne i at undslippe, og der skal tages passende forholdsregler for at sikre sikkerheden for beboere i nærliggende områder.
Det er vigtigt at bemærke, at selvom desinfektion kan være effektiv til at bekæmpe frugtfluer, bør den bruges som en del af en integreret skadedyrsbekæmpelse (IPM) strategi, som kan omfatte andre metoder såsom udelukkelse, sanitet og kulturkontrol for at opnå langvarig term resultater og minimere afhængigheden af kemiske behandlinger.